Ainuüksi nende kahe ameti nimetuses on juba erisus, mil üks keskendub puhtalt finantsidele ja teine sisemistele protsessidele.
Siseaudiitori eesmärgiks on tagada asutuse juhtkonnale kindlustunne, et tehtavad otsused ja tegevused on õiged, kooskõlas õigusaktidega ning vastavuses ettevõtte poolt väljaantud juhenditele (sh emaettevõtte juhenditele).
Olulisel kohal on ka ettevõtte reaalse tegevuse vastavus seatud eesmärkidele, visioonile ja missioonile. Lisandväärtusena hindab siseaudiitor, kas ressursse on kasutatud säästlikult, tõhusalt, mõjusalt ning eesmärgipäraselt.
Siseauditeermine lisab väärtust organisatsiooni tegevusele ning täiustab seda, ühtpidi kindlustandva ja teisalt nõuandva tegevusega.
Siinkohal ei tohi aga segamini ajada seda, et siseaudiitor aitaks justkui ettevõttel midagi välja töötada. Siseaudiitor ei tohiks võtta endale auditeeritavas majandusüksuses juhtimisvastutust, mil juhtimises osalemisest tulenevad ohud võivad olla nii suured, et ükski ettevaatusabinõu ei vähenda neid vastuvõetava määrani. Seega on oluline mõista, et siseaudiitor annab sõltumatu, kutsealaselt kompetentse, erialaselt pädeva hinnangu ettevõtte senisele tegevusele ja otsustele.
Kokkuvõtvalt on siseauditi üksuse eesmärgid järgmised (www.globaliia.org):
- Analüüsida riske, mis võivad mõjutada asutuse tegevuse ja selle sisekontrollisüsteemi efektiivsust ning määrata saadud tulemuste alusel kindlaks oma siseauditialase tegevuse prioriteedid ja koostada tööplaanid
- Tuvastada asutuse eesmärkide saavutamiseks rakendatud juhtimis- ja kontrollimeetmed, hinnata nende tulemuslikkust, säästlikkust ja efektiivsust ning avaldada arvamust nende piisavuse, töökindluse ja vajalikkuse kohta
- Teavitada juhtkonda oma tähelepanekutest ja järeldustest ning vajadusel anda soovitusi olukorra parandamiseks, juhtimis- ja kontrollimeetmete täiustamiseks või uute rakendamiseks.
