Praegu on toetused füüsiliste isikute puhul maksustatavad ainult siis, kui saaja on füüsilisest isikust ettevõtja. Selline olukord põhjustab turumoonutusi, millele on juhtinud tähelepanu ka Eesti põllumajandus-kaubanduskoda.
Füüsiliste isikute põllumajandustoetuste maksuvabastus on koja hinnangul viinud selleni, et maaomanikud soovivad ise ühtset pindalatoetust taotleda ning pole huvitatud maa rentimisest aktiivsetele põllumajandustootjatele, soovimata renditulult tulumaksu maksta.
Põllumajandustoetuste laiem maksustamine on põhjendatud, kuna nende maksmisega hüvitatakse põllumajandustootjatele või erametsaomanikele saamata jäävat tulu või kompenseeritakse muul moel turutõrkeid või makstakse toetust mingi tegevusega seoses.
Mitme toetuse iseloom on selline, et selle saaja peakski olema ettevõtjana registreeritud ja sellisel juhul maksustatakse toetus tulumaksuga ka kehtiva seaduse alusel muu ettevõtlustulu hulgas. Kui maksustatavaks muutuva toetuse saamisega kaasneb kulude tegemise vajadus, on toetuse saajal võimalik registreerida end füüsilisest isikust ettevõtjana ja tulu saamisega seotud kulud toetusest maha arvata.
