Kinnisasja võõrandamisel on müüjal sellisel juhul valikuvõimalus. Maksuhaldurit kirjalikult teavitades on õigus lisada käibemaksu, välja arvatud kasutuses olnud eluruumide võõrandamisel. Eluruumi mõiste on sätestatud võlaõigusseaduses ja tähendab elamut või korterit, mis on kasutatav alaliseks elamiseks.

KMS § 16 lõige 3 sätestab võimaluse maksukohustuslasele lisada käibemaksu teatud kaupade ja teenuste maksustatavale väärtusele. Maksu lisamisest tuleb Maksu- ja Tolliametit enne käibe toimumist samal maksustamisperioodil või varem kirjalikult teavitada. Kui maksuhaldurit on maksustamisest teavitatud, ei ole maksukohustuslasel enam valikut ja tal on tehingule käibemaksu lisamise kohustus.

Valiku alusel saab maksustada alljärgnevaid kaupu ja teenuseid:

1. kinnisasja või selle osa, välja arvatud eluruumi üürile, rendile või kasutusvaldusse andmine;
2. kinnisasi või selle osa, välja arvatud eluruum.

Kui kinnisasja võõrandaja või kinnisasja teenuse osutaja on enne tehingu toimumist registreerinud ennast käibemaksukohustuslasena, siis on võõrandajal kasutuses olnud kinnisasja maksustamisel valikuvõimalus. Maksuhaldurit kirjalikult teavitades on õigus lisada käibemaksu kinnisasja tehingutele, välja arvatud kasutuses olnud eluruumide võõrandamise tehingutele. Eluruumi mõiste on sätestatud võlaõigusseaduses ja tähendab elamut või korterit, mis on kasutatav alaliseks elamiseks.

Valiku alusel saab maksustada kinnisasja või selle osa võõrandamist ja andmist üürile, rendile või kasutusvaldusse. Valiku alusel ei saa maksustada kasutuses olnud eluruumide käivet, üürile või kasutusvaldusse andmist.

Teavitades maksuhaldurit kinnisasjale või selle osale käibemaksu lisamisest, on maksuhalduril õigus kontrollida, kas ettevõtja poolt teavitamine oli õigustatud. Eriti pööratakse tähelepanu sellele, et maksustatava objektina ei käsita maksukohustuslane juba kasutuses olevat eluruumi.

KMS §-s 41¹ sätestatakse kinnisasja käibemaksuga maksustamise erikord. Kui maksukohustuslane võõrandab teisele maksukohustuslasele kinnisasja, mille võõrandamisest käibemaksuga on ta kohustatud teavitama maksuhaldurit, siis tasub kauba soetaja võõrandajale kauba käibemaksuta müügihinna. Kauba soetaja arvestab tehingu kohta väljastatud arvel märgitud käibemaksusumma enda poolt tasumisele kuuluva käibemaksusummana võõrandaja asemel. Kinnisasja võõrandaja arvel peab tehing olema eraldi välja toodud koos märkega „pöördmaksustamine".

Kinnisasja võõrandamine, millele ei kohaldu maksuvabastus

Käibemaksumääraga 20% maksustatakse:

• ehitiste ja ehitiste aluse maa võõrandamist enne ehitise esmast kasutuselevõttu,
• oluliselt parendatud ehitiste võõrandamist enne parendamisele järgnevat taaskasutuselevõttu ja
• ehitusmaa võõrandamist.

Maksuvabastust ei kohaldata ehitise või selle osa võõrandamisel enne esmast kasutuselevõttu. Ehitusseadustiku § 3 kohaselt on ehitis inimtegevuse tulemusel loodud ja aluspinnasega ühendatud või sellele toetuv asi, mille kasutamise otstarve, eesmärk, kasutamise viis või kestvus võimaldab seda eristada teistest asjadest. Ehitis on hoone või rajatis. Hoone on väliskeskkonnast katuse ja teiste välispiiretega eraldatud siseruumiga ehitis. Rajatis on ehitis, mis ei ole hoone.

Ehitise esmase kasutuselevõtuna käsitatakse uue ehitise reaalset otstarbekohast kasutama hakkamist. Kasutusloa väljastamine ei ole veel ehitise kasutuselevõtmine, kuna kasutusluba näitab üksnes ehitise kasutuskõlblikkust, teatud nõuetele vastavust. Samuti ehitise edasimüük ei tähenda veel seda, et ehitis on olnud kasutuses. Näiteks kui uut korterit müüakse mitu korda edasi enne kui keegi reaalselt sinna sisse kolib ja elamiseks kasutusele võtab.

2006. aasta alguses jõustunud käibemaksuseaduse muudatusega täpsustati kinnisasja maksuvabastuse piirangu mõtet, sätestades, et oluliselt parendatud (ehk renoveeritud) ehitise või selle osa müüki maksustatakse sarnaselt uue ehitise müügiga. Seega tuleb käibemaksuga maksustada ka renoveeritud ehitise või selle osa müük enne parendamisele järgnevat taaskasutuselevõttu. Renoveeritud ehitise sätte sõnastamisel on lähtutud raamatupidamises kasutusel olevatest mõistetest, et sätte rakendamisel oleks võimalik lähtuda raamatupidamiskäsitlusest. Renoveeritud ehitiste võõrandamisel enne taaskasutuselevõttu tuleb käibemaksu lisada juhul, kui renoveerimiskulud ületavad vähemalt 10 protsenti ehitise või selle osa soetusmaksumust enne parendamist. Seega, kui nt korteri soetusmaksumus oli enne parendamist 50 000 eurot ja renoveerimiskulutused on võrdsed või ületavad 55 000 eurot (50 000 + 10% sellest), tuleb võõrandamisel lisada käibemaksu. Kui renoveerimiskulud jäävad alla selle, siis võõrandamisel käibemaksu lisamise õigus puudub, kuna korterite võõrandamist eluruumina ei saa valiku alusel maksustada.

Kui maatükil asub lammutamisele kuuluv ehitis, siis maatüki müüki tuleb üldjuhul käsitada maksuvaba võõrandamisena (Euroopa Kohtu kohtuasi C-71/18). Maksuvaba käibena käsitatakse kinnisasja võõrandamise tehingut, mis koosneb maatükist ja uueks hooneks ümber ehitatavast olemasolevast ehitisest, kui võõrandamise hetkel on olemasolevas ehitises tehtud üksnes osalisi lammutustöid ja ehitis on sellena vähemalt osaliselt veel kasutuses (Euroopa Kohtu kohtuasi C-326/11). Juhul kui aga ostja ja müüja on enne võõrandamistehingut kokku leppinud selles, et müüja taotleb lammutusloa ning kannab lammutuskulud, mis liidetakse tehingu müügihinnale, siis käsitatakse tehingut kui kinnisasja võõrandamist, millel puudub ehitis, sõltumata sellest kui kaugel võõrandamise hetkel endise ehitise lammutustöödega on jõutud (Euroopa Kohtu kohtuasi C-461/08).

Kuna ehitis on vastavalt ehitise mõistele üksnes terviklik asi, ei saa pooleliolev ehitis olla ehitis ehitusseadustiku tähenduses ning poolelioleva ehitisega maatükk on käsitletav ehitusmaana, millel puudub ehitis.

Maksuvabastust ei kohaldata ehitusmaa võõrandamisel. Ehitusmaa mõiste sätestati 1. oktoobrist 2018 KMS § 2 lõike 3 punktis 1. Nimetatud sätte kohaselt on ehitusmaa selline kinnisasi tsiviilseadustiku üldosa seaduse tähenduses, millel ei asu ehitist, välja arvatud tehnovõrk või -rajatis, ja mis on projekteerimistingimuste, detailplaneeringu või riigi või kohaliku omavalitsuse eriplaneeringu kohaselt ehitamiseks kavandatud või mille kohta on esitatud ehitusteatis või mille katastriüksuse sihtotstarve on üle 50 protsendi elamumaa või ärimaa või need ühiselt. Enne 1. oktoobrit 2018 ei rakendatud maksuvabastust krundi võõrandamisele planeerimisseaduse tähenduses. Ehitusmaa mõiste vastab paremini Euroopa Kohtu otsuses kohtuasjas C-543/11 toodud ehitusmaa mõiste kriteeriumitele.

1. oktoobrist 2018 tühistati KMS § 46 lõige 3, mis on üleminekusäte, mille kohaselt maksuvaba käibena käsitati ehitise ja selle aluse maa võõrandamist enne esmast kasutuselevõttu juhul, kui ehitamist alustati enne 1. maid 2004 ning krundi, millel ei asu ehitist, võõrandamist juhul, kui maatükk soetati enne 1. maid 2004. Seega, pärast nimetatud kuupäeva võõrandatakse iga maatükk käibemaksuga olenemata soetusaastast, kui tegemist on ehitusmaaga.