Kui kodukontoris viibiv töötaja teeb ise kulud ja tööandja hüvitab kokkuleppel nimetatud kulud, siis kuludokumentidel olevat käibemaksu ei saa maha arvata ja kulud hüvitatakse töötajale koos käibemaksuga.
Kui tööandja on soetanud sellist vara, mis on raamatupidamises arvel põhivarana ja vara ei tagastata pärast kodukontoris töötamise lõpetamist tööandjale, siis tuleb vara tasuta kasutada andmist või võõrandamist maksustada omatarbena (käibemaksuseaduse § 4 lg 1 p 2). Kui töö kontorisse tagasikolimisel tagastatakse tööandjale kogu tema poolt soetatud vara, mis on kasutuses kodukontoris, siis jätkub tavapärane põhivaralt mahaarvatud sisendkäibemaksu arvestus.
Kui tööandja on otsustanud osa kodukontori tööks vajalikke lepinguid sõlmida enda nimel, näiteks internetiteenuste leping, siis on õigus sisendkäibemaksu maha arvata ja töötaja poolt isiklikuks kasutuses olev osa maksustatakse omatarbena.
Kui tööandja teeb töötaja kodukontoris konkreetse kinnisasjaga seotud kulutusi, näiteks ruumi remont, püsivalt kinnitatud valgustid, küttekehad jms, siis nendelt kulutustelt ei ole õigus sisendkäibemaksu maha arvata. Töötaja soovil võib need kulud käibemaksuga talle edasi müüa – siis on õigus ka sisendkäibemaksu maha arvata.
Kui käibemaksukohustuslasena registreeritud FIE soetab kodukontori jaoks kaupu ja teenuseid, siis sisendkäibemaksu saab maha arvata vastavalt nende ettevõtluses kasutamise osatähtsusele.
