Raamatupidajale tähendab tööandjapensioni arvestus täiendavat deklareerimiskohustust, kuna tööandjapoolsed sissemaksed III sambasse on maksustamise seisukohalt võrdsustatud palgatuluga ning need tuleb deklareerida e-maksuametis TSD lisas 1 (mitteresidentide puhul lisas 2). Tööandjapensioni maksed deklareeritakse TSD lisas 1 väljamaksekoodidega 25 kuni 31 või lisas 2 väljamaksekoodidega 132 kuni 137, olenevalt töölepingu ja töösuhte liigist ning residentsusest (näiteks töötaja või ametniku eest tehtud sissemakse kood on 25, juhtumis- või kontrollorgani liikme eest sissemakse tegemisel 29 jne). Kahtluste korral on alati võimalik Maksu- ja Tolliameti infotelefonilt nõu küsida.
Deklareerimisel tuleks pöörata tähelepanu asjaolule, et tööandjapensioni makse maksustatakse ka kohustusliku kogumispensioni ning töötuskindlustuse maksetega, mistõttu on TSD lisa 1 veerus 1030 kajastatav väljamakse summa ning veerus 1160 kajastatav maksuvaba tulu summa erinevad. Maksuvaba tulu summana deklareeritakse otseselt töötaja eest pensionifondi kantav summa ning maksuvaba tulu liigiks tuleks veerus 1150 märkida liik 640 (III samba sissemakse maksuvaba osa). Kõik maksud arvestab (nagu palgatulu puhulgi) süsteem ise.
Igakuisel deklareerimisel tuleks samuti arvestada asjaoluga, et tööandjapensioni sissemakse ise on küll tulumaksuvaba ehk sellelt tulumaksu ei arvutata, kuid alates 01. jaanuarist 2018, mil jõustusid tulumaksuseaduse muudatused ning hakkas kehtima üldine maksuvaba tulu 500 eurot/kuus, võetakse tööandjapensioni maksed üldise maksuvaba tulu leidmisel siiski arvesse ehk palgatulu ja muud tulud ning tööandjapensioni makse summeeritakse kogutulu saamiseks ning vastavalt tulumaksuseaduses toodud valemile leitakse töötaja maksuvaba tulu summa.
Vastavalt tulumaksuseaduse § 40 lõikele 61 on tööandjal ka kohustus anda töötajale tema nõudmisel kalendriaasta 1. detsembriks tõend töötaja eest kalendriaasta jooksul III samba osakute soetamiseks makstud summade kohta. Vastav vorm (nn. vorm TPS) on kinnitatud rahandusministri 29.11.2010 määrusega nr. 60.
Kus saab vaadata töötajate pensioniandmeid?
Alates 6. augustist 2018 viidi III pensionisamba osakud väärtpaberikontodelt üle pensionikontodele, mille tulemusena toimub nüüd pensionikontodel nii II kui III samba osakute arvestus. Tööandjal on võimalik saada infot töötaja pensionikonto kohta Pensionikeskuse veebilehelt www.pensionikeskus.ee, III samba alajaotusest Tööandjale\Vabatahtliku kogumispensioni liitumiskontroll, kus isikukoodi alusel kuvatakse vastava isiku pensionikonto number. Suurema hulga töötajate kohta nn. masspäringute tegemiseks on võimalik pöörduda Pensionikeskuse poole ning leppida kokku päringuga seonduvad detailid.
Samast III samba alajaotusest Tööandjale/Tööandja sissemaksed on kergesti leitavad ka ülekannete tegemiseks vajalikud rekvisiidid. Siiski soovitab Pensionikeskus võtta nendega juhiste saamiseks ühendust juhul, kui välismaal asuv tööandja soovib teha tööandjapensioni ülekannet Eestisse välismaksena.