Senisega võrreldes tõusevad hinnad keskmiselt 1,6 korda. 2009. aastast kehtinud hindade ajakohastamisel arvestatakse inflatsiooni ja hinnad viiakse niipalju kui võimalik kooskõlla ekspertiiside tegemise reaalse kuluga.
Määruses on sätestatud üheksa viisi, mille alusel ekspertiisi hind kujuneb. Näiteks võib hind olla kindlaks määratud ühe isiku kohta või ühe objekti kohta. Hind võib sõltuda isikute, objektide või proovide arvust, näiteks DNA-ekspertiiside puhul. Kindlaks võib olla määratud baashind, millele lisanduvad vajalike uuringute hinnad.
Hinnad on kohustuslikud vaid ekspertiisiasutuses tehtavatele ekspertiisidele või sellistele ekspertiisidele, mille teeb Eesti Kohtuekspertiisi Instituudi lepingupartner, kes saab ekspertiisi tegemise ülesande instituudi kaudu.
Ekspertiisid on jaotatud kriminalistikaekspertiisideks ja kohtuarstlikeks ekspertiisideks ning psühhiaatriaekspertiisideks. Eesti Kohtuekspertiisi Instituudis tehakse umbes 40 eri liiki ekspertiisi aastas.
