Domineerivaks on pigem valitsemisala ministeeriumi arusaam või päevapoliitilised eelistused, teatas Riigikontroll.
Kuigi seaduse järgi peaks riik sihtasutusi asutama avalike funktsioonide täitmiseks, mis ei ole otseselt seotud riigivõimu teostamisega ja milleks muud tegevusvormid ei ole sobivad, on praktikas riik sihtasutusi loonud väga erinevate avalike teenuste osutamiseks.
Nii tegutsevadki sihtasutustena Eesti suurimad haiglad nagu Tartu Ülikooli Kliinikum ja Põhja-Eesti Regionaalhaigla, Euroopa Liidu toetuste jagajad Keskkonnainvesteeringute Keskus, Archimedes, Ettevõtluse Arendamise Sihtasutus ja teised, mitmed kultuuriasutused nagu muuseumid ja teatrid ning kohaliku elu edendamisega tegelevad organisatsioonid nagu maakondlikud arenduskeskused, spordirajatiste haldajad ja muud sellised.
Lõppenud aasta seisuga teostas riik asutajaõigusi rohkem kui 70 sihtasutuses, seejuures sihtasutuste arvu järgi on suurimaks asutajaõiguste teostajaks Kultuuriministeerium. Kultuuriministeerium on olnud ka viimaste aastate kõige aktiivsem sihtasutuste asutaja. Kokku maksti 2012. aastal sihtasutustele riigieelarvelist toetust 114,4 miljonit ja 2013. aastal 126,7 miljonit eurot. Need näitajad ei sisalda EL-i toetusi, mida mitmed sihtasutused vahendavad. Samas näitas audit, et vaatamata isevooluteed kulgenud arengule riigis on sihtasutused põhikirjalisi eesmärke täitnud ja riigilt saadud raha üldiselt eesmärgipäraselt kasutanud.
Lisaks selgusele, milliseid avalikke ülesandeid peaks riik korraldama sihtasutuste kaudu, vajab siiski senisest suuremat läbipaistvust riigi eelarvest sihtasutuste rahastamine. Kuna sihtasutused tegutsevad väga erinevate eesmärkide elluviimisel, on selge, et ei ole võimalik kokku leppida ühetaolises rahastamismudelis kõikidele sihtasutustele. Auditis leidis aga Riigikontroll probleeme nii kehtivatest reeglitest kinnipidamise kui ka hägusate reeglitega. Peale selle on sihtasutustest kujunenud omakorda ministeeriumide rahastamise allikas. Auditi käigus sai Riigikontroll ühest ministeeriumist järgmise selgituse: seadusega pandud tegevuste tarbeks meile riigieelarvest raha ei eraldatud, aga sihtasutusele oli selleks tegevuseks võimalik toetust anda.
Riigikontrolli hinnangul ei aita selline rahaplaneerimine kindlasti kaasa riigieelarve läbipaistvusele.
Riigikontroll märkis, et üldiselt on ministeeriumid kehtestanud reeglid, mille alusel tehakse järelevalvet eraldatud raha kasutamise üle. Oli juhtumeid, kus raha eraldamise reegleid ei olnud järgitud või olid need läbipaistmatud. Ministeeriumide praktika järelevalve tegemisel on jällegi erinev: mõnel juhul on nii järelevalve reeglid kui ka korraldus tõhus, mõnel juhul mitte.
Auditeeritud sihtasutustes ei tuvastatud riigi eelarvest eraldatud raha mittesihipärast kasutamist. Sihtasutused olid kehtestanud sisekontrollisüsteemi, et tagada raha sihipärane kasutamine.Ka leidis Riigikontroll, et näiteks SA Keskkonnainvesteeringute Keskus asutajaõiguste teostamine ja sisuline järelevalve on põhjendamatult eri ministeeriumide kohustus: asutajaõigusi teostab Rahandusministeerium, aga valdkondlikku poliitikat kujundab ja sisulist järelevalvet sihtasutuse üle teeb Keskkonnaministeerium.
SA Eesti Puuetega Inimeste Fond ei täida Riigikontrolli hinnangul jällegi talle pandud ülesandeid ja see seab kahtluse alla fondi vajalikkuse.
Fond on asutatud, et koguda raha puuetega inimeste toetamiseks, kuid sisuliselt vahendab fond vaid Hasartmängumaksu Nõukogu kaudu saadud toetusraha Eesti Puuetega Inimeste Kojale ja teistele ühendustele.