Kohus leidis, et deklaratsiooni parandamisele kohaldub maksukorralduse seaduse (MKS) § 89, mille lõige 1 näeb ette võimaluse teavitada maksuhaldurit deklaratsioonis esinevatest vigadest või andmete puudulikkusest enne maksusumma määramise aegumist. MKS § 98 lg 1 esimese lause järgi on maksusumma määramise aegumistähtaeg kolm aastat.
Sama lõike teises lauses nimetatud viieaastane aegumistähtaeg on erandlik tähtaeg, mis annab maksuhaldurile õiguse määrata maksude tahtliku tasumata või kinni pidamata jätmise korral maksusumma pikema tähtaja jooksul. Seega ei ole viieaastane aegumistähtaeg kohaldatav deklaratsiooni parandamisele.
MKS § 50 lg 2 näeb ette, et kui menetlustähtaeg, välja arvatud maksudeklaratsiooni esitamise tähtaeg, on mõjuval põhjusel mööda lastud, võib maksuhaldur oma algatusel või menetlusosalise taotlusel tähtaja ennistada. Sellest tulenevalt ei saa maksudeklaratsiooni (sh parandusdeklaratsiooni) esitamise tähtaega ka ennistada.
Kohtu hinnangul laieneb MKS § 89 lõikes 1 sätestatud tähtaeg maksudeklaratsiooni andmete parandamisele, sõltumata nende mõjust deklaratsiooni alusel arvutatud maksukohustusele, kuna maksudeklaratsiooni andmekoosseis (deklaratsiooni vorm) on õigusaktiga erinormina sätestatud ja parandusdeklaratsioonide ajaliselt piiramatu esitamisvõimalus ei saa olla sätte eesmärgiks.
Kohus pidas oluliseks selgitada ka, et omakapitalist tehtavate väljamaksete tulumaksuga maksustamise materiaalõiguslikuks aluseks on tulumaksuseaduse § 50 lg 2, mille kohaselt tekib residendist äriühingul tulumaksukohustus omakapitalist tehtud väljamaksete osalt, mis ületab äriühingu omakapitali tehtud rahalisi ja mitterahalisi sissemakseid. Säte ei seo omakapitali tehtud sissemakseid nende deklareerimisega.
MKS § 82 lg 1 järgi lähtub maksuhaldur maksukohustuse täitmise kontrollimisel ja maksu määramisel eelkõige maksukohustuslase esitatud maksudeklaratsioonidest, maksukohustuslase raamatupidamisarvestusest ja muust tema poolt enda tegevuse kohta peetud arvestusest. Seega ei tähenda omakapitali deklareerimiskohustuse rikkumine praegusel juhul, et igasugune omakapitalist tehtav väljamakse tooks maksukohustuslasele kaasa tulumaksu tasumise kohustuse. Deklareerimiskohustuse rikkumine paneb maksukohustuslasele kontrollimenetluses kõrgema tõendamiskoormuse ja annab maksuhaldurile pikema tähtaja maksukohustuse määramiseks.
Seega on kohtu otsusest tulenevalt pärast deklaratsiooni esitamise ja parandamise kolmeaastase tähtaja möödumist maksuhalduril õigus kontrollimenetluse raames arvesse võtta tõendatud sissemaksed ja nende ulatuses maksukohustust vähendada.
Maksuhalduri hinnangul saab see olla erandlik olukord, mil maksumaksja teavitab ekslikult tähtaegselt deklareerimata jäänud andmetest, esitab tõendusmaterjali ning maksuhalduril on õigus kontrollimenetluse käigus tõendamist leidnud omakapitali sissemakse võrra maksukohustust vähendada.
