Koostöökokkuleppega seotud tegevused on suunatud nii otseselt Eesti ja Venemaa piiri ääres paiknevatele aladele kui ka kaugematele piirkondadele. Piiriäärseteks aladeks on Eestis Ida-Virumaa, Jõgevamaa, Tartumaa, Põlvamaa, Võrumaa ning Venemaal Pihkva oblasti põhjapoolne ja Leningradi oblasti läänepoolne piirkond.
Kokkuleppe põhisuunad hõlmavad koostööd piirialade reisiliikluse ja kaubavedude jaoks soodsate tingimuste loomiseks, koostöö tugevdamist piiriületuspunktide taristu arendamisel, koostööd keskkonna- ja looduskaitse valdkonnas, samuti loodusvarade ühiskasutamise valdkonnas, koostööd metsatulekahjude ja hädaolukordade korral, koostööd kaubanduse ja majanduse ning teaduse ja tehnoloogia valdkonnas.
Koostöökokkulepe kujundab õigusliku raamistiku ja aluse erinevate valdkondlike kokkulepete sõlmimiseks, ühiste töörühmade moodustamiseks ning ühiste programmide ja projektide väljatöötamiseks ja rakendamiseks.
Koostöökokkuleppe rakendamist koordineerib valitsustevaheline komisjon, mis koosneb Eesti ja Vene osapooltest ning seda juhivad kummagi poole kaasesimehed.
Samalaadne kokkulepe on Venemaal sõlmitud Soome ja Poolaga. Samuti valmistab Venemaa ette sarnaseid kokkuleppeid Läti ja Leeduga.
