Riigikontrolli äsja lõppenud audit näitas, et maaomanik ei saa kindel olla, et riik küsib temalt maamaksu õige summa. Riigikontroll tuvastas kõigist auditeeritud omavalitsustest selliseid arvutusvigu, mille tulemusel pidi maaomanik tasuma maamaksu õigest summast rohkem või vähem. Arvutusvigade või seaduse tõlgendamisvõimaluste tõttu vääralt arvestatud maamaks pole küll põhjustanud riigile märkimisväärset kahju, kuid osa maksumaksjaid on selle tulemusel saanud põhjendamatuid soodustusi või pidanud maksma vajalikust suuremat maamaksu.
Maamaksuseaduse ja selle rakendusaktide kohaselt arvutab maamaksu Maksu- ja Tolliamet kohalike omavalitsuste esitatud andmete alusel. Riigikontroll analüüsis 13 omavalitsuse tegevust maamaksu arvutamiseks vajalike andmete esitamisel Maksu- ja Tolliametile ning uuris, kas riik on korraldanud maamaksusüsteemi selliselt, et oleks tagatud maamaksu õiguspärane arvestamine ja kogumine. Riigikontroll tuvastas, et Maksu- ja Tolliamet ei täida Rahandusministeeriumi teadmisel oma seadusest tulenevat ülesannet kontrollida omavalitsuste esitatud maamaksuandmeid. Vastutus maamaksu arvestamiseks vajalike arvutuste õigsuse eest on veeretatud omavalitsuste kaela. Kuigi kogu maamaksust saadav tulu kantakse omavalitsuse eelarvesse, on maamaks riiklik maks, mille kogumise eest peab vastutama riik. Riik ei ole omavalitsuste kasutusse andnud ühtseid andmebaase ega rakendusi maamaksu arvutamiseks. Kulutusi, mida omavalitsused peavad seetõttu ise tegema, riik ei hüvita.
Maamaksuseaduse järgi tuleb suur osa looduskaitseliste piirangutega maadest täielikult või osaliselt maamaksust vabastada. Keskkonnaministeerium oma haldusala asutustega on loonud küll kaardirakendused, mis peaksid aitama piirangute olemasolu ja nende ulatust tuvastada, kuid sealsed andmed pole alati täpsed. Hoolimata nende kaardirakenduste kasutamisest või mittekasutamisest on enamik omavalitsusi teinud looduskaitselistest piirangutest tulenevate maksuvabastuste või
-soodustuste arvutamisel hulgaliselt vigu.
2013. aastast rakenduv kodualuse maa maksuvabastus toob valdadele ja linnadele oluliselt tööd juurde. Kodualuse maa maksuvabastuse seaduseelnõu töötati Riigikogus välja kiirkorras. Ühtegi analüüsi selle kohta, kas seadus on plaanitaval kujul üldse rakendatav ja milliseid kulusid see kaasa toob, ei tehtud. Riiklike registrite põhjal ei saa seadust soovitud kujul rakendada, kuna registrid ei ole omavahel sellisel tasemel ühitatud, et iga maatüki maksuvabastuse kohaldumine või mittekohaldumine automaatselt registrites kajastuks. Praeguseks on Maa-ametile pandud ülesanne luua veebipõhine infosüsteem, mis peab valmima 2014. aasta lõpuks ja seda saab hakata kasutama 2015. aastast. Enne seda tuleb igal omavalitsusel leida võimalused, kuidas tuvastada maaomanikud, kelle elukoht rahvastikuregistri järgi asub maksualusel kinnistul. Edasi tuleb kindlaks teha, kas sel kinnistul asub ka elamu tunnustele vastav hoone. Alles siis saab asuda maksuvabastust välja arvutama. Paljudel juhtudel tuleb selleks raha ilmselt kulutada IT-arendustele, mis pärast riikliku infosüsteemi käivitamist muutuvad kasutuks.
Maksu- ja Tolliameti maamaksuandmete esitamise süsteem ei võimalda olemasolevate andmete põhjal kokku arvutada, kui palju jääb omavalitsustel maksuvabastuste tõttu maamaksu saamata. Nagu ei tea keegi täpselt ka seda, kui palju kulub valdadel ja linnadel raha ja aega soodustuste väljaarvutamiseks ning milline võiks olla administratiivkulude kokkuhoid, kui omavalitsused sellest keerukast ja tihti käsitsi tehtavast registriandmete võrdlemisest vabastada.
Iga maamaksuvabastuse või -soodustuse väljaarvutamine on maamaksust teinud eri osapoolte arvates proportsionaalselt Eesti ühe kõige suuremate kuludega hallatava maksu. Riigikontrolli arvates tuleb riigil kaaluda maamaksu administreerimise lihtsustamist ja maksu ümberkorraldamist selliselt, et maamaksu arvestamiseks vajalikud andmed saab Maksu- ja Tolliamet automaatselt riiklikest registritest. Omavalitsustelt tuleks Maksu- ja Tolliametil küsida vaid andmeid nende kehtestatud maksumäära ja kohalike maksusoodustuste kohta.
Riigikontroll käsitles auditis ka maamaksu maksmist maa eest, millel pole veel omanikku ega teadaolevat kasutajat. Selliste maade eest maksab maamaksu riigi nimel Rahandusministeerium. Omanikuta või kasutajata maa eest maamaksu arvutamist ei ole kuskil reguleeritud ja seetõttu ei ole maksusummat võimalik kontrollida. Rahandusministeerium ei ole kordagi seesuguste maade maamaksu arvutamise õigsuse üle omavalitsustega arutleda soovinud, vaid alati esitatud arvutustega nõustunud.
Riigikontroll andis auditi tulemusel soovitusi rahandusministrile, Maksu- ja Tolliameti peadirektorile, keskkonnaministrile ning Eesti Linnade Liidule ja Eesti Maaomavalitsuste Liidule. Ministrid ning Maksu- ja Tolliamet keskendusid oma vastustes riigi loodavale infosüsteemile MAKIS, mis rakendub alates 2015. aastast ja lahendab ära osa aruandes käsitletud probleemidest. Samas jäävad kuni 2015. aastani maamaksu arvestamiseks tehtavad olulised tegevused (sh alates 2013 lisanduv koduomaniku maksusoodustuse väljaarvutamine) endiselt omavalitsuste kanda ja riigile maksu kohta vajalikud andmed puudulikuks.
Maamaks on valdade ja linnade tuluallikatest suuruselt teisel kohal üksikisiku tulumaksu järel. Kõik vallad ja linnad kokku teenisid aastatel 2007–2011 maamaksust keskmiselt 46,9 miljonit eurot aastas, see moodustas 4% nende kogutuludest ja 7% maksutuludest.
Ühesuguse otstarbega maatükid võivad olla maksustatud väga erinevalt. Kuigi mõlemat maatükki kasutatakse golfi mängimiseks, on Rae vald väljakualuse maa sihtotstarbeks määranud ärimaa, Otepää vald aga oluliselt odavamalt maksustava üldkasutatava maa.
