Merike Jürilo on olnud osade valitsuspoliitikute kriitika all juba koroonakriisi algusest. Ametile heideti näiteks ette, et see lubas Saaremaa ja Itaalia võrkpallurite mängule.
Viimastel nädalatel on ta sattunud vastasseisu valitsusega ka seoses kiirtestidega