Toidu maksustamise peatükis leiab raamatu koostanud töörühm mitmele välisallikale toetudes, et Eestis oleks kõige efektiivsem maksustamise meetod karastusjookide lisamaksustamine ning puu- ja köögiviljade maksusoodustused. Samas märgib töörühm, et rasvumise vähenemise osas on seni läbi viidud uuringute kohaselt maksupoliitika seos nõrgem.
Ministeerium kaalub rohelises raamatus mitut võimalust: kas lisamaksustada toidugruppi, kuhu kuuluvad näiteks karastusjoogid ja alkohoolsed joogid, või toiduainetes sisalduvaid ained, nagu näiteks suhkrut ja teatud rasvhappeid. Samas tuuakse välja risk, et teatud toitude maksustamisel asendatakse need tooted samalaadse, mittemaksustatud toidu koostisosaga, näiteks maksustatud suhkur asendatakse magusainega.
Töörühm toob toidu maksustamisel peamise eesmärgina välja selle, et see on efektiivseim viis suunata toidukäitlejaid vähendama suhkrusisaldust valitud toidugrupis, mis ei ületaks seatud kriteeriumi lisatud suhkrute osas. Seejuures tuuakse välja Ungari näide, kus pärast toidumaksu tarbis 20% elanikkonnast lisamaksustatud tooteid vähem. Lisamaksustatud toodete müük langes seal 27%, kuid 40% käitlejatest muutis lisamaksustatud toidu koostist, mis lisaks tarbimis- ja ostueelistustele aitas kaasa toidu koostise muutmisele.
Kuigi ministeerium on veendumusel, et maksupoliitika võib aidata vähendada lisamaksustatud toidu ostu- ja tarbimiseelistusi, ei ole argumendid rahvatervise eesmärkide saavutamiseks toidu maksustamise kaudu nii selged kui näiteks tubaka ja alkohoolsete jookide puhul. Toidu puhul sõltub see rohkem maksu disainist ning kontekstist, kus seda kohaldatakse.
Tervise- ja tööminister Jevgeni Ossinovski on varem BNS-ile öelnud, et toitumise rohelise raamatu dokument on veel toores, aga kindlasti tahab ministeerium algatada arutelu, mis puudutab kahjulike toitude erinevaid regulatsioone.
Samas väljendas Ossinovski ka ettevaatlikust, sest paljud riigid on mingi toote ebaatraktiivsemaks muutmisel kasutanud maksupoliitilisi meetmeid, mis on seal ebaõnnestunud ja millest on hiljem loobutud.
Eesti Toiduainetööstuse liidu juhataja Sirje Potisepp on varem öelnud, et toitumise rohelise raamatu praegune versioon on eelkõige sotsiaalministeeriumi arusaam. Temas sõnul on raamat täiesti tasakaalust väljas ja sinna on jõudnud ka varem töögrupis välistatud toidumaksud. Liit soovib need raamatust välja jätta.
Toiduainetööstuse hinnangul tuleks toidumaksude teema raamatust üldse välja jätta. "See on poliitiline otsus, sellel pole toitumise rohelises raamatus kohta, toidumakse saab kusagil mujal analüüsida," sõnas Potisepp.
Kuna toidumakse on Eesti kontekstis nii rahva tervise kui ettevõtete konkurentsivõime seisukohast vähe uuritud, on Potisepa sõnul praegu üldse keeruline aduda, mis see kõik endaga kaasa võib tuua. "Toitumise roheline raamat kubiseb vanadest uuringuandmetest, meile tuuakse näiteid teistelt mandritelt ja kontinentidelt. Me elame Eestis, meil on omad eripärad, meid ei saa isegi Soomega võrrelda, meid ei saa Lätiga võrrelda," rääkis ta.
Potisepa sõnul on liit valmis inimeste toitumisharjumuste parandamiseks igakülgseks koostööks, mis algaks vastavate töörühmade moodustamise ja probleemide kaardistamisega.