Ettevõtlusega seoses saadud toetused kuuluvad maksustamisele isiku tuludeklaratsioonis E vormil. Seega, kui toetust taotleb FIE ning see on tema ettevõtlusega seotud, peab ta saadud toetuse arvesse võtma ettevõtluse tuludes ning tehtud kulud saab ta tulust (sh toetusest) maha arvata.
Pindalapõhiste toetuste puhul saab maksustamisel lähtuda sellest, kas maatükk, millele toetust taotletakse, on ettevõtluses kasutuses. Kui toetust saadakse vastavalt loomade arvule, saab lähtuda sellest, kas loomi kasvatatakse toodangu (nt piim, liha, vill, nahad jm) müügist saadava tulu eesmärgil.
Sellised toetused, mida saavad taotleda vaid FIE-d, tuleb kajastada ettevõtlustuludes ning kulu saab ettevõtlustulust maha arvata.
Varasema perioodi andmete alusel toetuse saamisel omab tähtsust, kas ettevõtlustulust on maha arvatud kulu, mis oli vajalik toetuse eesmärkide täitmisel (näiteks saagikoristuse kulu). Kui selline kulu on ettevõtlustulust maha arvatud, tuleb toetus ettevõtlustulus kajastada ka siis, kui toetuse saamise aastal enam ettevõtlusega ei tegeleta.
