Avaldus töövaidlusorganile tuleb esitada kirjalikult kahes eksemplaris töötaja töökohajärgsele töövaidluskomisjonile. Kui töötaja töökoht on töölepingus kindlaks määratud mitut maakonda hõlmavas piirkonnas, tuleb avaldus esitada tööandja asukoha- või elukohajärgsele töövaidluskomisjonile.

Töövaidluskomisjoni pöördumine on riigilõivuvaba. Töövaidluskomisjonis ei lahendata vaidlusi rahaliste nõuete üle, mis ületavad 10 000 eurot.

Töövaidluskomisjonil on õigus keelduda avalduse vastuvõtmisest või lõpetada asja menetlus, kui nõue on juba töövaidluskomisjonis või kohtus lahendatud, nõue on esitatud lahendamiseks kohtule või nõude lahendamine ei kuulu töövaidluskomisjoni pädevusse.
Töövaidluskomisjoni pädevusse kuuluvad ainult töölepingu seaduse alusel lahendatavad vaidlused – seega muud pooltevahelised lepingud, näiteks töövõtuleping, pole töövaidluse aluseks. Kui töötajale ei ole üheselt selge, milline leping on temaga sõlmitud või pole lepingut üldse kirjalikult sõlmitud, siis on tal õigus pöörduda töövaidluskomisjoni poole ning taotleda esmalt töölepingulise suhte tuvastamist ja seejärel saamata töötasu ja hüvitisi.

Töövaidluskomisjoni saab pöörduda nii töötaja kui tööandja, vaidlustamaks töösuhte lõppemise asjaolusid. Kui üks pooltest on esitanud teisele poolele töölepingu ülesütlemisavalduse, lahkunud töölt teist poolt teavitamata või lihtsalt ütleb tööandja, et „ära homme tule”, siis on ülesütlemise saanud poolel õigus pöörduda töövaidluskomisjoni poole ja nõuda seadusele mittevastava ülesütlemise tühisuse tuvastamist. Seadus sätestab siin töövaidluskomisjoni või kohtu poole pöördumiseks küllaltki lühikese tähtaja -  30 kalendripäeva ülesütlemisavalduse saamisest alates.

Töösuhtest tulenevate õiguste tunnustamiseks ja rikutud õiguste kaitseks nõude esitamise tähtaeg on neli kuud, töötasu nõude esitamise tähtaeg kolm aastat. Oluline on tähele panna, et kui tööandja ei kindlusta töötajat tööga, ei lõpeta töölepingut ega maksa ka tööga mittekindlustamise aja eest keskmist töötasu, ei saa juhinduda kolme aastasest aegumise tähtajast, vaid keskmise töötasu nõude esitamisel tuleb lähtuda nelja kuulisest aegumistähtajast.

Aegumist ei kohalda töövaidluskomisjon omal initsiatiivil, vaid ainult menetlusosalise taotlusel.

Töövaidluskomisjon lõpetab töövaidlusasja menetluse, kui avaldaja loobub enne töövaidluskomisjoni istungit või istungi ajal kõikidest esitatud nõuetest. Samuti on õigus loobuda üksikutest nõuetest, sel juhul lõpetab komisjon menetluse loobutud nõuetes.

Ilma avaldajata töövaidlusasja ei menetleta

Töövaidluskomisjon ei alusta asja arutamist ilma avaldaja kohalolekuta ning lõpetab menetluse, kui ei ole esitatud põhjendatud taotlust asja arutamise edasilükkamiseks. Avaldajal on aga õigus taotleda asja uuesti menetlusse võtmist, kuid sellisel juhul kohaldatakse aegumise kohta sätestatut.

Kui vastustaja ei ilmu istungile ja töövaidluskomisjon on teavitanud teda asja arutamise ajast ja kohast ning komisjonile pole esitatud põhjendatud taotlust asja arutamise edasilükkamiseks, siis on komisjonil õigus asja arutada vastustaja osavõtuta.
Kas esitatud edasilükkamistaotlus on põhjendatud või mitte, jääb töövaidluskomisjoni juhataja või komisjoni otsusta. Üldjuhul on edasilükkamine põhjendatud töötaja puhul tema haiguse, töölähetuse või muu ilmumist takistava olulise asjaolu korral. Tööandjal on põhjendusi raskem leida, kuna temal peaks olema võimalik leida ilmumise takistatuse korral omale uus esindaja. Töövaidluskomisjon ei soovi asja arutamise pahatahtlikku venitamist ning põhjendamatult istungit edasi ei lükata.

Töövaidluskomisjonile avalduse esitanu peab istungil oskama esitada oma nõuded ja nende põhjendused. Seetõttu on soovitav võtta istungile kaasa oma avaldus ja muud vajalikud dokumendid. Ühtlasi peavad istungi toimumise ajaks olema esitatud ka kõik asja tõendamiseks vajalikud dokumendid. See nõue kehtib mõlemale töövaidluse osapoolele. Dokumendid esitatakse kahes eksemplaris ja vajaliku ajavaruga, et teisele poolele jääks mõistlik aeg nendega tutvuda ja omapoolseid seisukohti esitada.

Vajadusel võib avaldaja kaasata tunnistajaid, kelle ta peab ise istungile kaasa võtma. Tunnistajatele töövaidluskomisjon kutseid ei saada ega  rakenda ka sunnivahendeid ilmumata jätmise korral. Samuti ei hoiata komisjon tunnistajaid ütluste andmisest seadusliku aluseta keeldumise ja teadvalt vale ütluse andmise eest nii, nagu kohus seda teeb. Tunnistajatega saab tõendada töösuhet, töökorraldust, töölepingu ülesütlemise asjaolusid ja muud, välja arvatud töötasu suurust ja sellekohaseid pooltevahelisi kokkuleppeid.

Otsus sünnib viie tööpäevaga

Töövaidluskomisjoni istungid protokollitakse ja otsus tehakse vaidlevatele pooltele teatavaks viie tööpäeva jooksul pärast istungi toimumist. Istungi toimumise päeval teatatakse pooltele otsuse teatavaks tegemise kuupäev ja kellaaeg. Töövaidluskomisjoni otsuse saab kätte vastavalt osapoole soovile, kas ise sellele komisjoni kantseleisse järele tulles, posti teel või digitaalselt allkirjastatuna elektrooniliselt.

Töövaidluskomisjoni otsusega mittenõustumisel võivad vaidlevad pooled pöörduda sama töövaidluse läbivaatamiseks maakohtusse ühe kuu jooksul, arvates töövaidluskomisjoni otsuse ärakirja saamise päevale järgnevast päevast.

Kohtusse pöördumise vormiks pole mitte kaebus töövaidluskomisjoni otsuse peale, vaid hagiavaldus. Hagis võib esitada üksnes samad nõuded, mis esitati töövaidluskomisjonile.
Hagejaks on töövaidluskomisjoni pöördunud isik (avaldaja) ja kostjaks see, kelle vastu nõue on esitatud (vastustaja). Kui vastustaja esitab kohtule hagi, siis on avaldaja endiselt hageja ja vastustaja on kohtus kostjana.

Avalduselt tuleb tasuda riigilõiv summas, mille hageja oleks pidanud tasuma hagi esitamise korral. Riigilõivuseaduse § 22 lg 1 p 1 järgi  ei võeta  riigilõivu töötasu või palga nõudmise ja töölepingu ülesütlemise tühisuse tuvastamise hagi või kaebuse läbivaatamiselt. Riigikohus selgitab oma 11.05.2011. a lahendis nr 3-2-1-27-11 p-s 11, et kuigi riigilõivuseaduse § 22 lg 1 p-s 1 ei ole töölepingu ülesütlemisele kaasnevat hüvitist otsesõnu loetletud, on sellised nõuded riigilõivuvabad, kuna need on seotud töölepingu ülesütlemise tühisuse tuvastamisega.

Kui kohtule esitatakse hagi või avaldus asjas, mida töövaidluskomisjon on juba lahendanud, tuleb seda hagis või avalduses märkida ja lisada otsuse ärakiri. Hagi või avalduse saamisel nõuab kohus töövaidluskomisjonist välja asja lahendamise materjalid ja võtab need toimikusse ning antud tõendid loetakse kohtusse esitatuks.

Töövaidluskomisjoni otsus jõustub pärast kohtusse pöördumise tähtaja möödumist, kui kumbki pool ei ole esitanud avaldust maakohtusse.

Töötasu nõude puhul saab nõuda otsuse viivitamata täitmist

Töötasu (mitte puhkusehüvitise, lähetusraha või muud hüvitise) nõuete osas võiks töötaja olla tähelepanelik ja vajadusel taotleda otsuse viivitamata täidetavaks tunnistamist. Töövaidluskomisjonil on õigus töötasu väljamõistmise otsus tunnistada viivitamata täidetavaks töötajale hädavajalikus ulatuses, kuid mitte rohkem kui kahe kuu töötasu ulatuses.  

Seega on sellise otsuse puhul võimalik koheselt otsuse saamise järel pöörduda töötasu sissenõudmise osas oma valitud kohtutäituri poole, ega pea ootama kohtusse pöördumise tähtaja möödumist. Teisel poolel on jällegi õigus viivitamata täidetava otsuse vaidlustamiseks kohtusse pöördumisel taotleda hagi tagamise korras viivitamatu täitmise peatamist.

Ülejäänud nõuete puhul aga kohustab individuaalse töövaidluse lahendamise seaduse § 25 lg 3 otsust täitmisele pöörata soovival poolel peale otsuse kättesaamisest ühekuulise kohtusse pöördumise tähtaja möödumist esitama töövaidluskomisjonile taotlust otsusele jõustumismärke lisamiseks. Taotluse võib esitada vabas vormis nii postiga kui ka elektrooniliselt.

Töövaidluskomisjon kontrollib, et otsust ei ole edasi kaevatud, tehes vastavad järelpärimised kohtusse, seejärel võtab taotleva poolega ühendust ja edastab jõustumismärkega töövaidluskomisjoni otsuse. Seejärel saab kohtutäitur alustada täitemenetluse läbiviimist.