EL-i toetusrahaga on riigikontrolli teatel ehitatud hulk hooneid ja rajatisi, paranenud on võimalused teenuseid tarbida ning enamasti on suurenenud ka osutatavate teenuste hulk. Ometigi selgus, et riigi tasemel puudub täpne ülevaade juba olemasolevate hoonete paiknemise kohta, vahendab BNS.
Kuigi põhiosa rahast on läinud üldhariduskoolidele, ei ole praeguseni selgeks vaieldud, millised koolid on üldise õpilaste arvu vähenemise taustal jätkusuutlikud ning kuidas peaks seda arvesse võtma koolide investeeringute toetamisel. Seetõttu puudub riigikontrolli arvates kindlus, et raha antakse projektidele, mille elluviimisest sünnib ühiskonnale pikaajaline kasu.
Riigikontrolli hinnangul ei ole auditeeritud projektide valikuprotsess olnud läbipaistev. Seetõttu ei ole selge, mille poolest on toetust saanud valdade ja linnade projektid paremad kui need, mis raha ei saanud. Samuti leiab riigikontroll, et projektidele seatud eesmärkide täitmist ei kontrollita piisavalt. Tihti on ühel projektil mitmeid eesmärke, millest kõikide täitmises ei ole projekti lõppedes veendutud.
Eesmärkide täitmist olid mingil viisil mõõtnud kuus auditeeritud omavalitsust. Kahekümne auditeeritu taustal ei ole seda palju ning võib järeldada, et projektidele on mõnel pool seatud eesmärgid, mille täitmises ei ole kavatsetudki selgusele jõuda. Ka EL-i toetusi maksvad rakendusüksused on toetuste kontrollimisel asetanud põhirõhu kulude abikõlblikkusele ning objekti ehitustöödele. Kas projekti elluviimine on parandanud avalikke teenuseid ehk aidanud lahendada sisulisi probleeme, kontrollitakse selle kõrval vähe.
Riigikontroll auditeeris kokku 20 elluviidud projekti Euroopa Liidu tõukefondide eelmisest (2004−2006) ja käesolevast (2007−2013) perioodist. Nende põhjal hinnati nii toetuse saaja kui ka toetuste rakendusasutuste siseministeeriumi ja haridus- ja teadusministeeriumi ning rakendusüksuste Ettevõtluse Arendamise Sihtasutuse ja Elukestva Õppe Sihtasutuse Innove tegevust.
Alates Eesti liitumisest Euroopa Liiduga on eraldatud toetusraha KOIT-kava projektidele ning noortekeskuste ja teavitamis- ja nõustamiskeskuste projektidele kokku ca 168 miljonit eurot. Selle rahaga on ajakohastatud vanu ja rajatud uusi objekte ligikaudu 180 omavalitsuses.
Auditi tulemusena andis riigikontroll kokku kaheksa soovitust regionaalministrile, haridus- ja teadusministrile, rahandusministrile ning Elukestva Õppe Sihtasutuse Innove ja Ettevõtluse Arendamise Sihtasutuse juhatusele. Auditeeritud lubasid riigikontrolli soovitustega arvestada järgmise Euroopa Liidu tõukefondide perioodi tegevustes.
