Esiteks, kui vaidluse all olid kõik kolm Rail Balticu raudteetrassi asukohta kindlaks määravat maakonnaplaneeringut (Harju, Rapla ja Pärnu), siis tühistati neist, ja sedagi vaid osaliselt, Pärnu maakonnaplaneering.
Teiseks, Riigikohus kinnitas üle, et maakonnaplaneeringute vaidlustamist nn populaarkaebuse vormis ehk avalikes huvides kehtiv seadus ette ei näe, sh ei ole enam sellist võimalust ka maakonnaplaneeringute puhul, mis algatati vana, enne 01.07.2015 kehtinud planeerimisseaduse kehtivuse ajal. Seega, isik saab maakonnaplaneeringut vaidlustada üksnes oma õiguste kaitseks – ei piisa väitest maakonnaplaneeringu õigusvastasuse kohta, vaid tuleb ära näidata ka kaebaja õiguste rikkumine. Juhul, kui kaebajaks on keskkonnaorganisatsioon, siis on erisuseks üldjoontes vaid see, et eeldatakse, et keskkonnaorganisatsiooni õigusi on rikutud, kui vaidlusaluse planeeringu kehtestamine on seotud organisatsiooni keskkonnakaitseliste eesmärkide või senise keskkonnakaitselise tegevusvaldkonnaga.
Kolmandaks, kui kaebajate üks põhiväiteid oli, et Rail Balticu trassi asukohta valides ei kaalutud (piisavalt) olemasolevat trassi, siis Riigikohus leidis, et olemasoleva trassi kõrvalejätmine ei olnud meelevaldne. Riigikohtu seisukoht oli ka ainumõeldav – kohus ei saa teha kaalutlusotsuseid ja otstarbekuse hinnanguid planeeringu kehtestaja eest.
Neljandaks, jättes kõrvale Luitemaa linnualaga seonduv, leidis Riigikohus, et suuremalt jaolt on trassivalikul kaalutud piisavalt alternatiivseid lahendusi, et lõplik planeeringu kehtestamise otsus oleks õiguspärane.
Viiendaks, ehkki Riigikohus tühistas Pärnu maakonnaplaneeringu vaid Luitemaa linnuala kõrval kulgeva trassilõigu asukoha määramisel tehtud vigade tõttu, tühistas Riigikohus planeeringu Pärnust lõunapoole jääva trassilõikude (3A, 4A ja 4H) osas tervikuna. Riigikohus põhjendas, et riigile peab jääma piisav kaalumisruum tuvastatud vea kõrvaldamiseks. Iseenesest on tõsi, et raudteetrass ja selle valik on üks tervik, kuna joonehitisena peavad selle erinevad lõigud kokku jooksma. Samas on vähemalt diskuteeritav, kas Riigikohus ei sekkunud siin liigselt planeeringu kehtestaja kaalutlusruumi. Juhul, kui selguks, et trassi on tarvis muuta suuremas osas kui vaid Luitemaa linnuala vahetus läheduses, saaks planeeringu kehtestaja ju ka ise omal algatusel varasema maakonnaplaneeringu suuremas osas muuta või kehtetuks tunnistada.
Kuuendaks, Riigikohus selgitas, et Pärnu maakonnaplaneeringu osalise tühistamise järel on riigil võimalik valida, kas algatada uus või uuendada vana planeerimismenetlus, kõrvaldamaks Luitemaa linnualaga seonduvad etteheited.
Kokkuvõttes, Riigikohtu otsus tervikuna kinnitas, et Rail Balticu maakonnaplaneeringute kehtestamine oli suuremas osas õiguspärane ning selgitas ka edasiste võimalike vaidluste tarvis, kas ja milliseid küsimusi saab planeeringuid vaidlustades üldse esitada.
